Tahun 1999. Morioh, sebuah kota yang biasanya tenang dan damai, baru-baru ini menjadi sarang aktivitas aneh. Joutarou Kuujou, yang sekarang menjadi ahli biologi kelautan, pergi ke kota misterius itu untuk bertemu dengan Jousuke Higashikata. Meskipun keduanya tampak seperti orang asing pada awalnya, Jousuke sebenarnya adalah anak haram dari kakek Joutarou, Joseph Joestar. Ketika mereka bertemu, Joutarou menyadari bahwa dia mungkin memiliki lebih banyak kesamaan dengan Jousuke daripada hanya hubungan darah.
Bersama dengan Kouichi Hirose yang lemah lembut dan Okuyasu Nijimura yang riuh, kelompok itu mengabdikan diri untuk menyelidiki penghilangan baru-baru ini dan kejadian mencurigakan lainnya di Morioh. Dibantu oleh kekuatan Stand, keempat pria itu akan menghadapi bahaya di setiap sudut jalan, karena merekalah yang harus mengungkap rahasia kota, sebelum kejadian lain terjadi.
